Метод окрашивания по Папаниколау является наилучшим для гинекологических мазков, так как этот метод полихромный, позволяет оценить степень созревания цитоплазмы (от сине-зеленого цвета в незрелых клетках до розового в клетках со зрелой цитоплазмой и оранжевого в клетках с ороговением), благодаря влажной фиксации хорошо сохраняются ядра, клеточная мембрана и структура хроматина. Краситель позволяет качественно дифференцировать степень созревания плоского эпителия и наличие патологического ороговения. Окрашивание Папаниколау контрастное, что дает качественную визуализацию клинически значимых элементов при микроскопии.